Una vez declarado el “Santuario Las Torcazas de Pirque” en 2007 se puso a disposición de diversas iniciativas académicas, tanto de investigación y docencia, permitiendo la ejecución de algunos proyectos de manejo silvícola y siendo visitado por estudiantes de diversas carreras afines al manejo y conservación de los recursos naturales. A partir del año 2012, parte un trabajo conjunto entre el Santuario y ECOS ONG, iniciativa formada por profesionales y estudiantes de la carrera de Ingeniería en Recursos Naturales Renovables de la Universidad de Chile, que permitió comenzar con el seguimiento sistemático de algunos elementos específicos de la biodiversidad presente en el Santuario.
Los objetivos de este seguimiento se han centrado en elementos de alto valor ecológico identificados en el Santuario. Dentro de la fauna, los esfuerzos se han concentrado en los reptiles debido a la alta diversidad registrada, ya que el gradiente altitudinal dentro del Santuario (desde Bosque Esclerófilo hasta matorral Altoandino), permite la presencia de las distintas especies asociadas a los pisos vegetaciones presentes en este gradiente. Otro grupo objetivo han sido los murciélagos, debido a que se ha podido registrar la totalidad de las especies de este grupo descritas para la Región Metropolitana dentro del Santuario. En cuanto a la flora, el interés se ha centrado en el seguimiento de los remanentes de bosques higrófilos de “lingue” (Persea lingue) presentes en el Santuario, debido a que esta especie arbórea ha reducido en al menos un 30% su área de ocupación entre las Regiones de Valparaíso y del Libertador General B. O'Higgins, encontrándose clasificada como “Vulnerable” en esta parte de su distribución.
También se han desarrollado algunas iniciativas de investigación en el área periurbana aledaña al Santuario, con el fin de poner en valor el rol del Santuario en la conservación y protección de la diversidad biológica, como parte del Sitio Prioritario de Conservación de la Biodiversidad “Río Clarillo”.