El Santuario San Francisco de Lagunillas y Quillayal fue declarado Santuario de la Naturaleza mediante Decreto Exento MINEDUC N° 775 el 08 de abril de 2008.

El Santuariio se ubica en la comuna de San José de Maipo, provincia Cordillera, región Metropolitana de Santiago. Cuenta con una superficie aproximada de 13.426 ha. Esta conformado por por dos predios; el predio San Francisco de Lagunillas (11.413 ha.) y el predio Quillayal (2.013 ha.). Este territorio fue incluido en el “Plan de Acción Santiago Andino” cuyo objetivo es la protección in situ de los ecosistemas altoandinos amenazados en la cordillera de los Andes de Chile Central.

El Santuario forma parte del Sitio Prioritario Nº4: El Morado- de la Estrategia de Conservacion de la Biodiversidad de la Region Metropolitana, que abarca una superficie de 141.827 hectareas, incluyendo al S.N San Francisco de Lagunillas y Quillayal y el Monumento Natural El Morado. Además, está inserto en la “Zona de Prohibición de Caza Santiago Andino” que establece una veda de 30 años, a partir de 2003, para la precordillera y cordillera de Santiago.

Por sus destacados rasgos geológicos y geomorfológicos y valores escenicos,el Santuario cuenta, desde el año 2005, con la categoría de “Zona de Interés Científico para Efectos Mineros” .
FLORA DE INTERÉS: el Santuari tiene un gran atractivo escénico por sus formaciones vegetacionales distribuidas altitudinalmente: bosque esclerófilo en las laderas más húmedas o de exposición sur ,y matorral esclerófilo en las laderas expuestas hacia el norte. Sobre los 2.000 m.s.n.m., comienza el dominio de la estepa altoandina. La flora del matorral y bosque esclerófilo se compone de especies nativas como maitén (Maytenus boaria), peumo (Cryptocaria alba), quillay (Quillaja saponaria), litre (Lithrea caustica), olivillo, lun, colliguay (Colliguaja odorifera). En las laderas de exposición norte dominan espinos (Acacia caven), quiscos y puyas.

Entre los 2.000 y 3.000 m.s.n.m. se desarrolla un ecosistema altoandino sometido a fuertes vientos y temperaturas extremas. Las especies presentes a estas alturas son abundantes cerca de afloramientos de agua y en las vegas .Entre estas la llareta, la llaretilla, el coirón y el coironcillo, el coirón de vegas y la chaurilla.

FAUNA DE INTERÉS: la fauna nativa del santuario es representativa de ambientes cordilleranos y precordilleranos de la zona Central de Chile. Entre estas existen 40 especies que se encuentran en alguna categoría de conservación, por ejemplo la torcaza, especie que se encuentra en peligro de extinción. Conjuntamente, esta zona forma parte del corredor biológico por el que circulan vertebrados que se desplazan entre Chile y Argentina como el puma (Puma concolor) y el guanaco, ambas especien en peligro de extinción.

ASPECTOS CULTURALES: se han encontrado sitios arqueológicos con materiales líticos que evidencian el poblamiento de este sector en la época prehispánica. En el área se han desarrollado diversas investigaciones científicas sobre los pisos vegetacionales; la productividad de biomasa de las vegas; el frangel y sobre el poblamiento prehispanicoy los lugaresde valor arqueologico.